Если нужно закрыть от посторонних глаз содержимое директории, но сунуть туда пустой index.html (index.php) файл — не вариант. Приводим настройки своего Virtual Host к следующему виду.
ServerName lectra.me ServerAlias www.lectra.me DocumentRoot /var/www/lectra.me Options -Indexes FollowSymLinks MultiViews AllowOverride All Order allow,deny Allow from all
В принципе, можно сделать тоже самое, прописав следующие строки в файле .htaccess
Options -Indexes FollowSymLinks MultiViews AllowOverride All Order allow,deny Allow from all