На сервере настроен и работает как ipv4 так и ipv6, но при обновлении пакетов или индексов при использовании ipv6 — процесс происходит медленно и может завершится с ошибками, да, странности в работе ipv6, возможно проблема с драйвером, а может и у хостера. Временным (постоянным) решением для себя, я нашел отключение ipv6 для yum.
ip_resolve=4